Pourquoi les tests PCR se font à l’aide de prélèvements nasaux alors que le virus se propage par la salive ?

Ces jours-ci circule sur Whatsapp un message dans lequel l’auteur/e émet des doutes quant aux tests nasopharyngés de diagnostic PCR, qui consistent en un prélèvement nasal afin de vérifier si le patient a la Covid-19. Dans ce message, il/elle se demande pourquoi on recourt à cette méthode alors qu’« une seule goutte de salive pourrait contaminer la moitié de la planète ». Nous avons enquêté sur les motifs qui font que les tests PCR nasopharyngés sont plus répandus, ainsi que sur leur fiabilité par rapport aux tests PCR de salive.

Parfois, je ne comprends pas : pourquoi faire un prélèvement avec une baguette aussi grande au fond du nez pour trouver le virus, alors qu’une seule goutte de salive pourrait contaminer la moitié de la planète ? C’est vraiment étrange, vous ne trouvez pas ?

Il est probable que l’auteur/e de ce message ne soit pas la première personne à se demander pourquoi les tests PCR se font à l’aide d’un prélèvement nasal alors qu’on oblige la population à porter en permanence un masque pour éviter la contamination par les aérosols. Ne suffirait-il pas de prélever directement la salive ?

Plusieurs centres de recherche se sont déjà penchés sur la question de la sensibilité d’un test de diagnostic à partir de prélèvement de salive. « Diverses études montrent que la salive peut être utilisée pour détecter non seulement la présence du virus, mais aussi les anticorps contre celui-ci », indique à Verificat Adelaida Sarukhan, immunologue et rédactrice scientifique d’ISGlobal. Elles ont permis d’observer que « l’amplification de matériel génétique à partir de la salive pouvait présenter la même spécificité et la même sensibilité qu’avec les échantillons nasopharyngés », autrement dit, ces études indiquent, du moins en ce qui concerne la capacité à détecter le virus, que ce test est relativement semblable au test PCR effectué à l’aide d’un prélèvement nasal.

Cependant, les experts consultés insistent sur le fait qu’il s’agit d’un prélèvement d’échantillon en laboratoire, au travers d’essais cliniques contrôlés, et que c’est toute autre chose que d’effectuer un prélèvement dans la vraie vie : « La salive est un échantillon relativement complexe. Premièrement, quand on parle de salive, on ne sait pas exactement à quoi l’on se réfère : à la sécrétion gingivale, à [un crachat], etc. », explique à Verificat Tomàs Pumarola, chef du Service de Microbiologie de l’hôpital universitaire de Vall d’Hebron et porte-parole de la Société espagnole des maladies infectieuses et de microbiologie clinique (SEIMC). À la difficulté de savoir comment prélever correctement s’ajoute celle de savoir quel est le bon moment pour prélever : « Faut-il le faire à jeun ou non ? Faut-il prélever le matin, l’après-midi ou le soir ? Faut-il d’abord faire un bain de bouche ? De nombreux facteurs entrent en ligne de compte au moment de faire un prélèvement salivaire, ce n’est pas aussi facile qu’on ne le pense », explique le médecin.

Pour le moment, les experts ne connaissent pas non plus le rendement exact des échantillons de salive dans la vraie vie : « Dans la situation d’un essai contrôlé, la sensibilité est probablement identique à celle d’un échantillon nasopharyngé, mais dans les situations de la vraie vie, elle est peut-être inférieure, parce qu’il existe de nombreux types d’échantillon et de nombreuses conditions différentes », ajoute le scientifique.

C’est en ce sens que le Conseil supérieur de recherche scientifique (CSIC) espagnol a qualifié le test PCR d’« outil crucial pour déterminer la progression de la pandémie de Covid-10 », étant donné que c’est celui qui présente la « plus grande fiabilité ».